Die Nitratbelastung des Grundwasser und des Oberflächenwassers in Deutschland bleibt zu hoch. Nitrate gelangen vor allem durch Düngen in der Landwirtschaft ins Wasser. In Deutschland, Malta und Spanien wurden im EU-Vergleich die höchsten Werte gemessen. Laut EU-Kommission geht die Verschmutzung von Grundwasser und Oberflächenwasser durch Nitrat aus landwirtschaftlichen Quellen insgesamt aber zurück.
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Doch für einen weiteren Rückgang sind zusätzliche Anstrengungen der Mitgliedstaaten notwendig. Laut Bericht zur Umsetzung der EU-Nitratrichtlinie wurde in 28 Prozent der Grundwassermessstationen in Deutschland der Durchschnittswert von 50 mg Nitrat pro Liter überschritten. 2016 hat die Kommission Deutschland wegen der anhaltenden Verunreinigung der deutschen Gewässer durch Nitrat vor dem Gerichtshof der EU verklagt. Eine Nitratkonzentration von über 50 mg/l kann erhebliche Auswirkungen auf die Gesundheit haben, vor allem bei Schwangeren und Kleinkindern. Trinkwasser von Nitraten zu befreien, ist außerdem teuer.